港台时期的师生情
1949年，严耕望随史语所迁台，寓居台北新竹杨梅镇，钱穆则南走香港，创办新亚书院。居港期间，钱穆为办学之事常去台北，严耕望也多次从杨梅专程赶来看望老师，问候起居，故师生之间常得相聚。
1955年，严耕望完成了《唐仆尚丞郎表》一书的写作，此下拟定了二项研究计划。其一是整理两《唐书》。他在写《唐仆尚丞郎表》时，对新、旧《唐书》各自的优劣有了一个深刻的认识。《新书》体例完备，结构谨严，但文辞刻意求简，往往因文害意，酿成许多错误。《旧书》史料丰富，叙事详尽，但晚唐部分编制粗糙，史实多误。所以，他想以沈炳震《两唐书合钞》为底本，对两书进行一番全面的整理，纠谬发覆，为后人研究提供可信的史料。二是研究唐代人文地理。严耕望自1946年以来就已开始搜集中国历代人文地理方面的资料，拟从地理观点来研究这一时期人文发展的变迁状况，“想为中国历史建立一个立体的历史观”。然而这两项计划工程浩大，非投入毕生的精力和时间不可，很难两者兼顾。正当他徘徊在两《唐书》整理计划和历史人文地理研究的两难抉择中时，恰好钱穆由香港来台北，他立即以此下研究的去向问题向老师求教。钱穆稍加思考，告诉他说：
你已花去数年的时间完成这部精审的大著作（即指《唐仆尚丞郎表》）。以你的精勤，再追下去，将两部《唐书》彻底整理一番，必将是一部不朽的著作，其功将过于王先谦之于两《汉书》。但把一生精力专注于史籍的补罅考订，工作实太枯燥，心灵也将僵滞，失去活泼生机；不如讲人文地理，可从多方面看问题，发挥自己心得，这样较为灵活有意义。（严耕望《钱穆宾四先生与我》）
严耕望听完老师此番建议后，立即决定放弃两《唐书》的整理计划，专心于历史人文地理的研究。此后40年间，他潜心于《唐代交通图考》的撰述，开拓了从人文地理的角度研究中国历史的全新领域，这在他晚年的学术研究中具有十分重要的意义。严氏称此次谈话“对于我后来的治学方向有决定性的影响”，“至今仍感到这是正确的抉择，但此当归于先生数言的启发”。
钱穆居港办学，成绩卓著。特别是新亚得美国雅礼协会的支持后，发展更快。为谋进一步发展，他派人到台湾物色人才，自然想到了在史语所任职的严耕望。1954年，钱托牟润孙专程到杨梅敦请严耕望到新亚任教，助他一臂之力。严耕望留恋史语所良好的研究环境，以学业未成为由，婉拒了老师的邀请。
1963年8月，严耕望的好友、钱穆40年代的学生李定一赴香港联合书院任教，劝严同往。第二年春假，李返回再来邀请。严耕望称自己正在撰写《隋唐地方行政制度》，待书稿写好后再考虑前往。李以为严已有去港之意，故将这一消息告诉了钱穆。2月21日，钱穆给严耕望去信一封，称“弟驾有来港之意，惊喜交并”。又称新亚研究所“本欲增一导师名额，久欲延弟来任此职，而所请经费，至今尚未决定”。24日、29日又连写两信，告诉严氏增加研究所导师名额一事，已获港府快速通过，盼他尽快赴港就任。并称“如弟不来，使穆出言失信，此后遇其他交涉，将受影响”。同时，严耕望也连续收到李定一写来的两封信，云“宾师此次大费周章，始有此一缺；若兄不就，则宾师颇难过”。“此事宾师系硬向中文大学特要之导师，并郑重申明，已有极佳人选”，“如兄不来，则宾师不能下台”。几天后，严耕望又收到新亚研究所导师聘书。严称“事已至此，已无回环余地，若仍坚持不去，实在对不起二十余年来心神俱契的恩师”（严耕望《钱穆宾四先生与我》），赴港之事就此决定。
1964年8月底，严耕望赴新亚任职，此时钱穆因种种原因辞去新亚书院院长一职。对于老师的辞职，严耕望内心是深表赞同的。他认为自己的老师天才横溢，境界甚高，在50岁之前，就出版了极有学术分量的著作，如《先秦诸子系年》、《中国近三百年学术史》、《国史大纲》及《庄子纂笺》等，皆为传世的不朽之作。50岁稍后，正是学养成熟、精力未衰的重要阶段，当在学术上有更高的发展，达到新的境界。然而世局不安，被迫到香港办学，十余年间，耗尽心力，虽有述作，但多为讲录散论之类，与前期著述相比，大为逊色。严氏认为，兴学育人虽有功于教育文化，但那只需中人之资即可胜任。自己的老师是奇才浪掷，对于今后学术界当是一项不可弥补的损失，所以深为惋惜。由于师生之间关系密切，无话不谈，严耕望在1962年3月致信钱穆，劝他为学术急流勇退，摆脱行政干扰，重新回到研究岗位上来，为学术作出更大的贡献。钱穆读信后，感慨不已，于3月19日回信道：
即日奉来书，相念之意溢于纸外，诵之感慰。惟儒家处世必求有一本末终始之道，穆在此办学，亦是一时之不得已，惟既已作始，应有一终，此刻尚非其时。弟缄云云，穆实无时不在筹虑中也。此刻只有力求护摄之道，不使精力过于浪掷，人事应酬已省无可省，内部只问大体，此外分层负责，亦不多操心。自问多已做到。只是年岁日迈，精力有限，即复摆弃百事，亦恐不足副相知如吾弟之深望耳。回顾（民国）廿六年后，此二十五年全在乱离窘迫中过去，岂能无慨于中。（钱穆《致严耕望书》，《钱宾四先生全集》第53册）
其实钱穆早有辞去行政职务之意，这在他致杨联陞、余英时的信中已多有表露。只是当时新亚规模未具，不得不把全部精力投注其中。钱穆辞职后，潜心学术，数年间便写成五大册的皇皇巨著《朱子新学案》，为他晚年的学术“新刺激”、学术“新生命”画上了一个完美的句号。严耕望称此书是他老师“晚年又一部境界很高而论证密实必可久传的大著作，倘若仍负责校务，绝不可能有此成就”。真可谓知师莫若弟子。
钱穆虽在1964年7月提出辞职，但校董事会决议，许其先休假一年，第二年才正式离任。当时新亚研究所仍仿齐鲁国学研究所旧规，每个月举行一次学术讲论会（月会），由研究生、助理研究员轮流讲演。钱穆在休假期间，仍常常出席讲论会作评论，这使严耕望回忆起20多年前赖家园追随问学的一段往事，受益不少。
1967年，钱穆定居台北，严耕望仍在香港中文大学新亚书院和新亚研究所任教，但师生关系并没有因分在台港两地而疏远减弱。严耕望每去台北，必至外双溪素书楼晋谒老师，钱穆也常给弟子写信，从1967年7月至1982年7月15年间，钱给严的亲笔信就多达44封，信中有谈论古诗的，有论治学途径的，有谈学术写作的，也有鼓励学生坚守学术岗位的。比如他在1972年2月20日的一封信中说：“专论文与史，班（固）不必不如马（司马迁），若论义理，则所差远甚。”“古人治学本无文史哲之分，如读《通鉴》，温公于两书外多增唐人小说笔记，不仅有关史事，其间有甚深蕴蓄属于义理方面者。温公此书，实已文史哲三者兼顾。……东莱（吕祖谦）《古史》，一见便是史；温公《通鉴》，史中兼融文哲。弟试从此两义参入，学问必可更上一层。”又如在1973年2月23日的信中说：“学问贵会通，若只就画论画，就艺术论艺术，亦如就经论经，就文史论文史，凡所窥见，先自限在一隅，不能有通方之见。”
严耕望居港期间，还为他的老师做了一件重要的事情，那就是修订《国史大纲》。《国史大纲》是民国时期有重大影响的中国通史著作，也是钱穆一生中最重要的学术代表作之一，自1940年出版后，好评如潮。著名学者牟润孙称赞此书 “自尧舜以迄民国，为完整之中国通史。识见、议论、编排、文章、均超越前人之作。享誉史学界，诚非幸致”。严耕望对他老师这部贯通古今的通史著作也有极高的评价，称“目前所有各种中国通史中，仍以钱宾四先生的《国史大纲》为最佳，内容既见识力，也有深度，迥非其他几部通史所能企及”（严耕望《治史答问》）。不过《国史大纲》毕竟是一部讲义性质的教科书，由于成书仓促，书中不免有疏漏和不严谨之处。早在赖家园问学时，严耕望就向乃师提出了修订此书的建议。他说自己在读《国史大纲》时，深感才气横溢，立论精辟，实非一般通史著作所能比肩，将为日后史学发展开一新门径。惟行文尚欠修饰，且节段不相连属，仍不脱讲义体裁，故建议花几年时间进行加工整理，一方面就当补充处加以增补，一方面就文字加以修饰，每节每章写成浑体论文，若能力求通俗化更好。钱穆认为严耕望言之有理，但书已出版，且时处战乱，再无时间和精力在上面精雕琢磨，只有留待后人继续努力了。到了70年代初，钱穆决定修订旧作，并把修订的重任交给了严耕望。1972年至1973年间，师生间就修订《国史大纲》有多次通信往来，严根据老师提的修订原则进行了校补，对史前部分作了补充，增加了不少考古材料。
当年《国史大纲》出版后，钱穆写信给陈寅恪，请直告书中错误，陈回信称书中的引文未注明出处，难以查检，钱穆也以此为憾。此次修订该书，钱穆决定依陈氏之言，将书中材料出处一一加以增补，写信给严耕望征求意见。严氏认为，此书以通识见长，与考证之作不同。考证之作，重在实证，必须一字一句明其来历；通识之作，尤其是通史，重在综合，重视章节布局，提出整体意见。就一个时代言，须综观全局，作扼要说明；就前后时代言，须原始察终，通变古今，不在一事一物的点滴考证。另外，有一些重大问题，只能凭借作者的才智和深厚学养，提出简要的慧解，很难在有限的篇幅中原原本本地加以证明，只有让看书多、程度深的读者，循此慧解的线索，自己体会，获得了解。这些地方，一点一滴的考证方法，几难有用武之地，何能事事注明出处。于是致书其师：“《史纲》为书，叙事或略出处，不足挂怀。陈（寅恪）先生从考证法度指出此类小弱点，不足介意。若今日再逐句寻出处，费大事而就小功，殊不值得。与其在这些小处着墨，不如在大处加工，完成一部通体融会的通史读本。”（严耕望《钱穆宾四先生与我》）钱穆最终采纳了严耕望的意见。
1973年2月5日，全书校毕，严耕望重读此书，对其师的才识，益加惊佩。他在一篇日记中这样写道：“此次校阅，比较仔细地看了一过，得益不少，益惊佩宾师思考敏锐，识力过人。早年我即钦服宾师境界之高，识力之卓，当上追史迁（司马迁），非君实（司马光）所能及。再读此书，此信益坚。惜当时未能好好的写，只将讲义草草改就付印，不能算是真正的史著！……然即此讲义，已非近代学人所写几十部通史所能望其项背，诚以学力才识殊难兼及！” 18年后，严耕望在所撰《钱穆宾四先生与我》中仍坚持这一看法。他说：“今又十八年，我的看法，依旧未变。只惜自七七抗战军兴，扰攘数十年，先生健壮的中年时代，一直不安，只成就一间新亚书院，造就不少青年，自己却未能专注学术工作，致天赋奇才未能尽量发挥，继史迁、君实成就通史大业。此实中国史学史上不可弥补之重大损失，不知何日再出奇才，思之慨然！”
光大钱门
在严耕望成长的道路上，遇到了不少良师益友，但对他治学影响最大、最深的，毫无疑问是钱穆。钱穆对严耕望也寄予厚望，多有称赞。1940年代在成都赖家园问学时，钱便对严说，“你是我认识的最有希望的学生”，对他鼓励有加。50年代在香港，余英时问钱穆在他以往教过的学生中，究竟谁是他最欣赏的学生，钱穆也毫不迟疑地答道，他最看重的是中央研究院史语所的严耕望，现已卓然有成。
当年钱穆在武汉大学讲学时称政治制度和历史地理是历史学的两只脚，站稳了这两只脚，史学才有牢固的基础。这一席话决定了严耕望此后50余年的研究方向。此后在其师长期的指导和雕琢下，严耕望坚定不移地朝着这两个领域发展，在制度史和人文地理的研究上作出了卓越的贡献。
在制度史研究方面，严耕望在50岁以前就出版了《两汉太守刺史表》、《秦汉地方行政制度》、《魏晋南北朝地方行政制度》、《唐仆尚丞郎表》等专书，研究范围由秦汉拓展到隋唐。在中国古代地方行政制度的研究上，他大量运用石刻资料证史，重建秦汉至南北朝的地方政府组织，填补了汉唐之间的制度研究空白。1970年，54岁的严耕望当选为台湾“中央研究院”院士，成为钱门弟子中最早当选院士之人，这主要得益于他在中古政治制度史上的研究贡献。1955年后，严耕望转向人文地理的研究，潜心于《唐代交通图考》的写作。该书考订唐代的交通地理沿革，内容涉及唐代各州府军镇、馆驿津梁、山川形势，道里远近，并旁及政治、经济、社会、宗教、文化各个方面，凡唐代文献，如正史、通鉴、政书、地志、别史、杂史、诗文、碑刻、佛藏、科技、杂著、类书及考古资料，凡涉及中古交通，不论片纸巨篇，皆搜罗详密，成为研究唐代交通路线和交通制度这一领域无法绕开的权威性著作。目前该书已出版六册，成为他“一生心力所萃的最重要的著作”。余英时说：“像《唐代交通图考》这样的大计划，在西方或日本都只能出之于集体实践之一途，即由计划的主要执行人指导一、二十个助手分头进行。现在耕望则以一手之力完成之，他的恒心和惊力足以惊天地而动鬼神了。”（余英时《中国史学界的朴实楷模——敬悼严耕望学长》）杨联陞也赋诗赞道：“体大思精多创获，严公政考早流传。新编又见追双顾，管教方兴教百年。”
钱穆学贯四部，著作等身，但他学问研究的重心则在学术思想史，制度和历史地理只是他治史的两只脚，藉以站稳而已。所以钱氏在这两方面尽管也下过工夫，写过一些著作，如《史记地名考》、《古史地理论丛》（研究古史地理的论文集）、《中国历代政治得失》，但与学术思想史这一领域相比，的确不可同日而语。换句话说，制度史和历史地理方面研究，在钱穆的学术领域中是相对薄弱的环节，而这一薄弱的环节最终为他的弟子严耕望所弥补。严氏在乃师长期的亲切指导、鼓励和栽培下，在制度史和历史地理方面猛下工夫，辛勤耕耘，作出了杰出贡献，在20世纪中国学术史上写下了不朽的篇章。从这个意义上讲，严耕望光大了钱门学术，成为钱门学术最重要的传人之一。
事实上，钱穆把严耕望视为自己学术最主要的传人，严氏也不负乃师的厚望，有资格担当传人这一重任。钱穆晚年居台，长日杜门，颇有寂寞之感，希望弟子能返台与他畅谈学术。1974年，当他得知严返台看望他的消息后，兴奋地回信道：“七月能回台，获一畅晤，大以为望。”1982年7月1日，钱穆在给严氏的最后一封亲笔信中说道：“弟驾此来，能多获畅晤，一抒积念之悃。人生快事，宜无过于此矣！”
不过严耕望却谦称自己并不是他老师最主要的传人，因为钱穆研究学问的重心在学术思想史上，而学术思想史又非他所长，而且是他最薄弱的一环。所以他说，“我虽然受到宾四师的影响极大，私人感情似也最密切，但在学术上，却不能算是先生的最主要的传人”，“我只是先生学术的一个旁支而已”。
早在赖家园问学期间，钱穆就谆谆告诫门下弟子，做学问一开始规模就要宏大高远，要做通人之学，走通才的第一流路线。然而严耕望并没有完全遵从老师的意愿，对之亦步亦趋。他后来仍然做了专家之学，走了专家的第二流路线。不过，严耕望虽然在学术上走了第二流路线，却做出了第一流成绩，得到了学术界的公认。著名华裔学者杨联陞在给严氏的一封信中赞道：“我兄对于唐史及魏晋南北朝史之贡献，充实而有光辉，确已超迈同辈，连大陆及日本学人在内。”这的确不是过分的赞誉。
在钱穆的眼中，尽管严耕望有“老守一窟”、“探幽凿险”、“尽求精备”之病，但他并不以弟子未能完全跟进为憾。对于严耕望所写的每一部著作，他都以欣赏的眼光给予了肯定。1973年6月5日，钱致信严耕望说：“大陆流亡海外学术界二十余年来，真能潜心学术，有著作问世者，几乎无从屈指，唯老弟能淡泊自甘，寂寞自守，庶不使人有‘秦无人’之叹。此层所关不细，尚幸确守素志，继续不懈，以慰夙愿。”（钱穆《致严耕望书》）
在中国近现著名史学家中，严耕望特别推崇陈垣、陈寅恪、吕思勉和他的老师钱穆，誉之为现代史学“四大家”。他的师弟、钱门另一位最重要的学术传人余英时对他作了这样的评价：“以治学途辙言，他较近于陈垣与吕思勉，而稍远于陈寅恪和宾四师。这是毫无可疑的。然而他于四大家的优点则能兼收并揽。他的规模宏大承自宾四师，辨析入微取诸陈寅恪，平实稳健尤似陈垣，有计划而持之以恒则接武吕思勉。他在史学上终能达到通博与专精相反相成的境界决不是幸致的。”（余英时《中国史学界的朴实楷模——敬悼严耕望学长》）
诚哉斯言！